Genen bewerken van verschillende bacteriën: een Apple is geen Android

Team Delft van de iGEM biotechnologiecompetitie ontwierp deze zomer een toolkit om de genen van bacteriën aan te passen, zodat bacteriën straks misschien olie in de zee opruimen. De week van de grote finale in Boston breekt aan, de toolkit lijkt te slagen.

Logo iGEM Delft

iGEM Delft

iGEM (international Genetically Engineering Machine) is een wereldwijde wedstrijd voor het verbeteren van de wereld met synthetische biologie. In het laboratorium werken 375 teams tot het moment van de waarheid: de jamboree in oktober 2019 in Boston (USA).

Volg Team Delft

Wij, het iGEM-team van de TU Delft, willen het aantal bacteriesoorten vergroten dat onderzoekers kunnen gebruiken. Dit proberen we te bereiken door aanpassingen te doen in cellen, de kleinste levende deeltjes. Momenteel kunnen wetenschappers maar enkele bacteriesoorten inzetten om eiwitten te laten maken voor onszelf, zoals de E.coli die insuline maakt als medicijn voor diabetespatiënten. Dit gebeurt door genen toe te voegen aan de bacterie. Dat kan niet bij alle bacteriën. Wij ontwikkelen een nieuwe methode waarmee we nog veel meer bacteriesoorten naar onze hand kunnen zetten. Dankzij ons project, Sci-Phi 29, hopen we dat in de toekomst nieuwe antibiotica worden gevonden of efficiënter biobrandstof wordt geproduceerd.

Het einde van de wedstrijd is in zicht! We zijn druk in de weer in het lab om de laatste resultaten te behalen. Op 28 oktober vliegen we naar Boston waar de winnaars bekend worden gemaakt.

Gelekte olie opruimen

Voor de wedstrijd sleutelen we aan de genen van bacteriën, maar met welk doel eigenlijk? Wij willen het makkelijker maken voor wetenschappers om meer soorten bacteriën voor hun onderzoek te gebruiken. Er zijn namelijk ontzettend veel verschillende bacteriën die allemaal hun eigen speciale eigenschappen hebben. Zo zijn er bacteriën die hele extreme temperaturen kunnen weerstaan of die olie kunnen afbreken. Als we gunstige genen samenvoegen in één bacterie kan deze wellicht in zout water leven, extreme omstandigheden doorstaan én olie afbreken. Dan kunnen we genetisch aangepaste bacteriën inzetten om bijvoorbeeld gelekte olie op zee op te ruimen.

Over de E.coli-bacterie is veel bekend en daarom wordt deze veel gebruikt in wetenschappelijk onderzoek. De kennis kan niet automatisch worden gebruikt voor een andere bacterie. Het is dus niet zo makkelijk om andere soorten bacteriën te gebruiken in het onderzoek, daar is veel nieuwe kennis voor nodig.

Het iGEM-team van Delft werkt deze zomer aan een toolkit om genen van meerdere soorten bacteriën te bewerken. De eerste positieve resultaten zijn binnen.

Android of Apple

Je kunt het vergelijken met apps op je telefoon. Misschien heb je weleens meegemaakt dat een vriend of familielid een leuke nieuwe app had op zijn of haar Android-telefoon. Jij wil die ook, maar kunt de app niet vinden in de App Store van jouw iPhone. Dat komt omdat apps aangepast moeten worden om te kunnen werken in een bepaald systeem. Blijkbaar waren de makers er nog niet aan toegekomen om de app aan te passen voor gebruik op een iPhone.

Zo zit het ook met genen die je in een bacterie wilt stoppen. Genen moeten heel precies aangepast worden zodat ze werken in een bepaalde bacterie. Dat kost erg veel tijd en geld. Wij hebben een toolkit bedacht die ervoor zorgt dat dit niet meer nodig is. Als je een gen ‘bouwt’ met behulp van onze toolkit, werkt dit gen vervolgens in verschillende bacteriën.

Met experimenten proberen wij aan te tonen dat onze toolkit inderdaad zo werkt als wij bedacht hebben. En ja, vlak voor de deadline zien we de eerste positieve resultaten: een gen dat we gebouwd hebben met onze toolkit werkte in twee verschillende bacteriën!

Deze blog is geschreven door teamlid van iGEM Delft Renée van der Winden

Het iGEM-team van Delft 2019. Boven v.l.n.r. Esther Hoogerwerf, Huyen My Nguyen, Weronika Hoska van Aken, Hafsa Akaouche, Sagarika Govindaraju, Renée van der Winden. Onder v.l.n.r. Marco Valentim Becker, Mu-En Lu, Osman Esen, Dennis Kenbeek, Joel Clotet i Peretó.
Sunnie van de Werken

Eerdere blogs van iGEM Delft 2019:

Het iGEM-team uit Delft en het iGEM-team uit Leiden schrijven maandelijks een blog voor biotechnologie.nl. Lees hier hoe het eraan toegaat bij het iGEM-team in Leiden.

Dit artikel is een publicatie van NEMO Kennislink, en hoort bij de thema's Duurzaamheid vergroten en Voedsel produceren op Biotechnologie.nl.
© NEMO Kennislink, sommige rechten voorbehouden